לימודי הנדסת תוכנה מכשירים את הסטודנטים להמשיך בתעשיית התוכנה ולהמשיך את הלימודי לתארים אקדמאים מתקדמים. מסלולי התמחות בהנדסת תוכנה של מכללת אפקה כוללים קורסי בחירה – טכנולוגיות תוכנה ומידע הכולל פיתוח תוכנה ומערכות מידע, ואשכול ניהול שמטרתו שימת דגש על יסודות הניהול, התנהגות ארגונים וחקר ביצועים, כלכלה, בשילוב עם הנדסת תוכנה.
לימודי הנדסת תוכנה של מכללת אפקה הנו מסלול לימוד מבין מגוון מקצועות הלימוד בתחומי הנדסה, כגון, הנדסת חשמל ואלקטרוניקה, הנדסת תעשייה וניהול, הנדסה רפואית, הנדסת מכונות ומערכות ועוד. מכללת אפקה, יש לציין, הנה מוסד אקדמי המוכר על ידי המועצה להשכלה גבוהה ומוסמך להעניק תואר B.sc בהנדסה. רוב בוגרי לימודי הנדסה של מכללת אפקה השתלבו בתעשייה במקצוע אותו למדו , ואף המשיכו לתארים גבוהים יותר בתחומי הנדסה.
