לימודי הנדסת תרופות של המכללה האקדמית להנדסה ירושלים הנם ברמה אקדמית גבוהה ביותר, ומקיימים מסלול לימודים יוקרתי בשיתוף חברת ′טבע′, שמקנה לבוגרי המסלול תואר בוגר במדעים B.Sc – מהנדס תרופות המוכר על ידי המועצה להשכלה גבוהה.
החוג להנדסה פרמצבטית מכשיר סטודנטים לתואר הנכסף - מהנדס תרופות במהלכו ילמדו הסטודנטים מקצועות מדעי היסוד, כגון, פרמקולוגיה, כימיה, ביו- כימיה, פיסיקה, מדעי הנדסה, הנדסה פרמצבטית לצד הכשרה מקיפה. בוגרי החוג יוכלו להשתלב בתעשיית התרופות הנחשקת כדוגמת רפא, טבע, דקסון ואחרות ולהמשיך לתארים מתקדמים בנושאי ההנדסה. יש לציין כי לימודי הנדסת תרופות של המכללה האקדמית להנדסה ירושלים, הנם רק חלק ממגוון נושאי הלימוד הנלמדים במכללה, ביניהם לימודי הנדסת תעשייה וניהול, לימודי הנדסת אלקטרוניקה, לימודי הנדסת תוכנה, הנדסת חומרים, הנדסה אזרחית, הנדסת חומרים ועוד.
